Pesquisadores do Labiomic contribuem para o controle de variantes do vírus da covid-19 por meio da técnica do sequenciamento

O Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas à Microbiologia Clínica (Labiomic) da Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) vem se destacando no cenário nacional com suas contribuições no monitoramento genômico do coronavírus desde que ingressou na RedeVírus, do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações (MCTI), em junho de 2021.

O Labiomic participa especificamente do subprojeto “Corona-ômica MCTIC: Rede nacional de genomas, exoma e transcriptoma de covid-19 para identificação de fatores associados à dispersão da epidemia e severidade”. Uma das principais descobertas foi a emergência da subvariante BQ.1 e BQ1.1 da variante Ômicron do coronavírus em Santa Maria.

O alerta foi divulgado por meio do Informe Corona-Ômica nº 24.2022, em 25 de novembro de 2022. Neste levantamento, foram 157 amostras coletadas, entre 2 de agosto e 16 novembro, em laboratórios públicos e privados de Santa Maria que realizam teste PCR para o coronavírus. Após, os genomas sequenciados foram analisados por meio da plataforma online Nextclade.

Priscila Trindade, professora do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da UFSM, conta que, ao receber a coleta dos centros clínicos, sua equipe extrai o material genético da amostra e realiza as etapas subsequentes.

Ela explica: “Basicamente, o RNA viral é transformado em cDNA (DNA complementar), que por sua vez será amplificado para termos a quantidade de material genético necessária para sequenciar”.

A seguir, essas moléculas de DNA amplificadas são submetidas a mais etapas até que estejam prontas para serem inseridas no sequenciador, variando de acordo com o volume de amostras e a disponibilidade dos reagentes. Uma vez sequenciado o genoma do vírus, passa-se às análises bioinformáticas, quando se tem o resultado, que é divulgado ao público nos boletins.

Alertas e orientações

A respeito do último resultado divulgado, de novembro, a professora ressalta que a detecção da subvariante BQ.1 na região de Santa Maria, embora fosse um fato esperado, é importante para que a população siga vigilante, uma vez que essa subvariante está causando um aumento expressivo do número de casos em todo território nacional.

“A princípio, apesar do aumento expressivo no número de casos, o número de internações e óbitos não tem acompanhado essa tendência. Não se pode dizer que não é preocupante esse aumento de casos. Entretanto, a vacinação provavelmente está ajudando, e muito, para que a maioria dos casos seja leve”, pondera a pesquisadora.

Priscila alerta que as orientações de prevenção ao vírus seguem as mesmas, como usar máscara bem ajustada ao rosto (cobrindo nariz e boca) em ambientes fechados e transporte público, evitar aglomerações, buscar testagem em caso de sintomas gripais e evitar trabalhar nessa situação, estar com a vacinação em dia, cuidar a higiene das mãos, dentre outros hábitos.

Sendo assim, Priscila ressalta a importância de seguir o monitoramento com a vigilância genômica. “Surgirão outras variantes e subvariantes, porque isso faz parte da evolução do genoma viral. Informar e auxiliar as autoridades de saúde na tomada de decisões e implementação de medidas de prevenção e controle da covid-19 em tempo hábil é o que pode fazer toda a diferença no acompanhamento de uma nova onda epidêmica e na resposta das pessoas aos tratamentos”, diz a professora.

O impacto da Rede Corona-Ômica na UFSM

O trabalho do Laboratório da UFSM junto ao Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações começou em junho de 2021, após a chegada de todos os equipamentos e reagentes necessários para executar a técnica. Assim, o Labiomic foi estruturado, em termos de equipamentos, a partir da pandemia.

“Antes disso, embora cientes da importância da realização de tipagem e da identificação molecular de agentes etiológicos de doenças infecciosas, conseguíamos apenas realizar os experimentos in silico, ou seja, a parte de bioinformática, muito devido às dificuldades financeiras para a realização da técnica de sequenciamento de genoma total desses organismos”, relata a professora.

A professora ainda esclarece que, embora a realização das análises bioinformáticas requeira menos investimento em termos de recursos de capital e de custeio – pois há muitos softwares gratuitos e dados de sequenciamento disponíveis em bases de dados públicas -, sem os equipamentos não haveria como ter os dados locais.

Inicialmente, o Laboratório conseguiu recursos destinados ao enfrentamento da pandemia da covid-19 provenientes da própria UFSM. 

O projeto dos estudos clínicos de vacinas para a covid-19, coordenado pelo professor Alexandre Schwarzbold, do Departamento de Clínica Médica, foi fundamental em termos de aporte financeiro para a contratação de recursos humanos, treinamentos e compra de equipamentos e insumos.

Uma vez com os trabalhos iniciados e gerando dados de vigilância genômica, o coordenador da Rede Corona-Ômica, professor Fernando Spilki, entrou em contato com o Labiomic para saber do interesse em colaborar com a rede.

Além da Corona-Ômica, os pesquisadores ingressaram na fase 2 do projeto Laboratórios de Campanha, também financiado pelo MCTI. A partir disso, ambos os projetos garantem o aporte financeiro para a compra de reagentes, permitindo que o sequenciamento genético continue sendo realizado.

Reforço ao ensino, à pesquisa e à geração de conhecimento

Em relação aos benefícios para a UFSM, Priscila entende que esse investimento viabiliza a realização de outras técnicas e estudos a serem realizados na instituição, inclusive aplicados a cenários de surtos, epidemias e pandemias causadas por microrganismos emergentes e reemergentes que possam ocorrer.

A docente acrescenta ainda que a realização do sequenciamento de forma descentralizada, isto é, em regiões interioranas, propicia uma agilidade na obtenção de resultados e, consequentemente, na tomada de decisões, o que não seria possível se as amostras tivessem que ir para um grande centro.

“Isso também reforça o papel social da UFSM, visto que os dados gerados são informados à Vigilância em Saúde do Município, que pode então instaurar medidas de controle da doença com celeridade, beneficiando a sociedade”, diz a professora.

Com essa parceira há também a capacitação de recursos humanos, a fim de reforçar o ensino, pesquisa e a geração de conhecimento. As técnicas realizadas no laboratório estão alinhadas ao que é realizado nas melhores universidades do país e do mundo, relata Priscila.

As sequências são depositadas em bancos de dados públicos, sendo disponibilizadas para que outros pesquisadores também tenham acesso aos dados.

Atualmente, a equipe do Laboratório está composta por dois professores, Priscila Trindade e Alexandre Schwarzbold. Da parte dos estudantes, há uma aluna de pós- doutorado contratada por bolsa Desenvolvimento Tecnológico Industrial (DTI-A) do projeto Corona-Ômica (MCTI), uma aluna de doutorado do Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, três alunos de iniciação científica do curso de Farmácia, uma biomédica e uma farmacêutica – essas duas últimas profissionais também contratadas por projeto de pesquisa.

(Com reportagem da Assessoria de Imprensa/Unidade de Comunicação Integrada da UFSM)